El IES Infante D. Juan Manuel ha desarrollado un sistema de atención a la diversidad amplio.

Utiliza como principio el agrupamiento flexible en 2º y 3º curso de la E.S.O. (Profundización), lo que permite el desdoble del alumnado en las materias de Lengua y Geografía e Historia en 2º ESO; y Matemáticas, Biología y Geología y Física y Química en 3º de ESO.

En Bachillerato se imparte el Bachillerato de Investigación, desde el curso 2007-2008.

Recibimos alumnado con necesidades educativas específicas (déficits auditivos severos, discapacidad psíquica y altas capacidades).

El Proyecto ABC, implantado en nuestro centro en el curso 2007-08, asigna profesorado especialista con conocimiento de Lengua de Signos para abordar la enseñanza del alumnado con déficits auditivos severos en régimen de integración en el aula con el resto de alumnos y profesores.

El Plan de atención a los alumnos/as con sobredotación intelectualmente, regulado por la Orden 24 de mayo de 2005, de la Consejería de Educación y Cultura, se define y aplica a partir del curso 2008-2009 en ESO.

 Desde el curso 2015-16 se imparte el S.E.L.E. (Sistema de Enseñanza en Lengua Extranjera) organizado también en forma de agrupamiento flexible y con rotación de las materias impartidas en otro idioma.

Desde este curso  2017-18 se imparte una FP Básica de Ofimática, para alumnos con discapacidad auditiva.